Der FC Wels ist ein Fußballverein aus der oberösterreichischen Stadt Wels und spielt seit der Saison 2022/23 in der vierthöchsten Leistungsstufe, der OÖ Liga.
Der FC Wels wurde während der laufenden Meisterschaft im Jahr 2003 durch Fusion der traditionsreichen Vereine SK Eintracht und FC Union gegründet. Lange davor wurde schon immer über einen Großklub in Wels diskutiert, da es neben diesen Klubs auch noch den WSC Hertha, ESV Wels und die Blaue Elf Wels gibt. Aus einem einzigen Großklub wurde jedoch nichts, umso überraschender kam dann die, vor allem aus politischer Sicht, brisante Fusion zwischen der „roten“ Eintracht und der „schwarzen“ Union.
Die erste Meisterschaft 2002/03 wurde auf dem 12. Tabellenplatz beendet, 2003/04 belegte der FC Wels den 15. und vorletzten Rang. 2004/05 kam Wels auf den 13. und 2005/06 auf den achten Platz.
Im Spieljahr 2006/07 spielte Wels einen anständigen, aber nicht überragenden Herbst, überwinterte auf dem 5. Platz. Aufgrund des großen Rückstandes auf die Spitze suchten die Welser nicht um eine Lizenz für die Erste Liga an. Das sollte sich beinahe rächen: In der Rückrunde gewann man ein Spiel nach dem anderen, führte die Tabelle bis zum vorletzten Spieltag an. Durch eine Niederlage am letzten Spieltag wurde der Meistertitel zwar doch noch verspielt, die Vizemeisterschaft ist aber dennoch der größte Erfolg der noch jungen Vereinsgeschichte. Ab der Saison 2012/13 spielte der Verein jedoch viertklassig, nachdem er im Vorjahr knapp abgestiegen war.
In der Saison 2014/15 konnte das Finale des Baunti-Landescup gegen den ATSV Stadl-Paura mit 3:1 gewonnen werden, was den ersten großen Titel für den FC Wels bedeutete.
In der Saison 2017/18 konnte man als Viertplatzierter wieder in die Regionalliga aufsteigen.