Der FC Pepeni ist ein moldawischer Fußballverein aus Pepeni im Rajon Sîngerei. Er wurde 2002 gegründet und spielt derzeit in der Divizia A, der zweithöchsten moldawischen Spielklasse.
Der Verein konnte bisher keine größeren Erfolge erzielen. In der Saison 2012/13 erreichte er das Pokalfinale, musste sich dort aber dem FC Sheriff Tiraspol mit 0:1 geschlagen geben. In der gleichen Saison wurde der FC Pepeni auch moldawischer Vizemeister und stieg damit in die Divizia Națională auf.
In der höchsten moldawischen Spielklasse konnte sich der FC Pepeni jedoch nicht etablieren und stieg nach einer Saison wieder ab. Seitdem spielt er wieder in der Divizia A.
Der FC Pepeni ist bekannt für seine gute Jugendarbeit. In den letzten Jahren sind mehrere Talente aus der Jugendabteilung des Vereins in die moldawische Nationalmannschaft berufen worden.
Der Verein hat eine große Fangemeinde in Pepeni und Umgebung. Die Heimspiele des FC Pepeni werden regelmäßig von mehreren hundert Zuschauern besucht.
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