Der russische Fußballverein Kosmos-2 Dolgoprudny wurde 1991 als Nachfolgeverein von Txist Moskau in der Stadt Dolgoprudny gegründet. Der Verein spielte zunächst in der 3. Liga, der damaligen zweiten sowjetischen Spielklasse. Nach dem Zerfall der Sowjetunion wurde der Verein in die russische 1. Liga aufgenommen. In der Saison 1992/93 gelang der Aufstieg in die Premjer-Liga, die höchste russische Spielklasse.
In der Premjer-Liga konnte sich der Verein jedoch nur zwei Jahre halten und stieg 1994/95 wieder in die 1. Liga ab. Dort spielte Kosmos-2 Dolgoprudny bis zur Saison 2000/01, als der Verein erneut in die Premjer-Liga aufstieg. Diesmal konnte sich der Verein länger in der höchsten russischen Spielklasse halten und spielte dort bis zur Saison 2005/06.
Nach dem Abstieg aus der Premjer-Liga spielte Kosmos-2 Dolgoprudny wieder in der 1. Liga. In der Saison 2008/09 gelang dem Verein der erneute Aufstieg in die Premjer-Liga, doch nach nur einem Jahr stieg der Verein wieder ab. Seither spielt Kosmos-2 Dolgoprudny in der 1. Liga.
Der größte Erfolg des Vereins ist der Gewinn des russischen Pokals im Jahr 1997. Im Finale besiegte Kosmos-2 Dolgoprudny den FK Lokomotive Moskau mit 2:0.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Sato Stadion aus, das ein Fassungsvermögen von 3.000 Zuschauern hat.
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