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College Football wird seit über hundert Jahren gespielt, aber das Spiel und die Organisationsstruktur des College Football haben sich in dieser Zeit erheblich weiterentwickelt. Das erste College-Football-Spiel wurde 1869 gespielt, aber das Spiel entwickelte sich im späten 19. und frühen 20. Jahrhundert weiter. In dieser Zeit war Walter Camp Pionier des Konzepts einer Line of Scrimmage, des Down-Systems und des College Football All-America-Teams. Der Rose Bowl von 1902 war das erste Bowl-Spiel in der Geschichte des College-Fußballs, und wurde ab 1916 jährlich veranstaltet. In den 1930er Jahren entstanden weitere Bowl-Spiele, darunter der Sugar Bowl, der Cotton Bowl Classic und der Orange Bowl. Die College-Football-Saison 1906 war die erste Saison, die im Rahmen der IAAUS (die später zur NCAA wurde) gespielt wurde, und die erste Saison, in der der Vorwärtspass legal war. Die IAAUS hatte sich gebildet, nachdem Präsident Theodore Roosevelt als Reaktion auf mehrere Todesfälle während der Footballspiele die Colleges aufgefordert hatte, Wege zu finden, um den Football zu einem sichereren Sport zu machen. 1935 wurde erstmals die Heisman Trophy verliehen; Die Auszeichnung gilt allgemein als die prestigeträchtigste Einzelauszeichnung des College-Footballs. 1965 stimmte die NCAA dafür, das Platoon-System zuzulassen, in dem verschiedene Spieler in Angriff und Verteidigung spielten. Teams hatten zuvor in den 1940er Jahren mit dem Konzept experimentiert. 1968 begann die NCAA, Neulingen die Teilnahme an Spielen zu ermöglichen, die zuvor ein Redshirt-Jahr absolvieren mussten. Nach einem Anstieg der "Zuschüsse" (Stipendien, die eher aus sportlichen als aus akademischen oder bedarfsgerechten Gründen vergeben wurden) stimmte die NCAA 1975 zu, die Anzahl der Sportstipendien, die jede Schule anbieten konnte, zu begrenzen. 1968 forderte die NCAA alle Teams auf, sich als Mitglieder der Universitätsdivision (für größere Schulen) oder der Hochschuldivision (für kleinere Schulen) zu identifizieren. 1973 teilte sich die NCAA dann in drei Divisions auf. Auf Drängen mehrerer größerer Schulen, die mehr Autonomie und Gemeinsamkeit anstrebten, wurde die Abteilung I-A vor der Saison 1978 gegründet. Die verbleibenden Teams in Division I bildeten die Football Championship Subdivision oder FCS (damals bekannt als Division I-AA). 1981 versuchten Mitglieder der College Football Association, eine vierte Division zu gründen, die ausschließlich aus den wettbewerbsfähigsten Schulen bestand. Diese Bemühungen wurden allerdings zunichte gemacht. In der Saison 1992 teilte sich die SEC in Divisionen auf und spielte das erste FBS-Confernece-Championshipgame. Die Big 12 und die Western Athletic Conference machten dasselbe für die Saison 1996, und die meisten Conferences nahmen schließlich Divisionen und Meisterschaftsspiele an.

Die NCAA vergibt offiziell keine FBS-Footballmeisterschaft, aber mehrere Teams haben nationale Meisterschaften gewonnen. Andere Organisationen haben ebenfalls versucht, die Teams zu bewerten und einen nationalen Meister zu krönen. Das Dickinson-System und andere Methoden wurden im frühen 20. Jahrhundert gegründet, um das beste Team des Landes auszuwählen, und die AP-Umfrage und die Trainer-Umfrage begannen Mitte des 20. Jahrhunderts mit der Rangliste der Teams. In vielen Spielzeiten haben Jurys wie die AP und die Trainerumfrage verschiedene Teams als nationale Meister bestimmt. Oft endete mehr als eine Mannschaft ungeschlagen, da nicht garantiert war, dass die Top-Teams während der Regularseason oder in Bowl-Spielen gegeneinander spielen. 1992 gründeten fünf große Conferences die Bowl Coalition, um den FBS-Champion zu ermitteln. 1998 schlossen sich die beiden verbleibenden großen Conferences zur Bowl Championship Series an. Die BCS verwendete ein Rangsystem, um die beiden besten Teams im BCS National Championship Game zusammenzubringen. Doch selbst in der BCS-Ära gab es geteilte National Championships, da 2003 in der AP-Umfrage und der Trainerumfrage verschiedene National Champions ausgewählt wurden. Die College Football Playoffs mit vier Mannschaften ersetzten die BCS ab der Saison 2014.

Derzeit gibt es kein einheitliches System, um FBS-Spielern neben Stipendien einen finanziellen Ausgleich zu gewähren. An der Spitze der Entschädigungsbewegung steht der Gouverneur von Kalifornien, Gavin Newsom. Newsom erklärte: "College-Sportler setzen alles aufs Spiel - ihre körperliche Gesundheit, ihre zukünftigen Karriereperspektiven und ihre Lebensjahre, um mithalten zu können. Colleges ernten Milliarden von den Opfern und Erfolgen dieser Studenten, hindern sie jedoch im gleichen Atemzug daran, einen einzigen Dollar zu verdienen", sagte er in einer Erklärung. "Das ist ein bankrottes Modell - eines, das Institutionen vor die Studenten stellt, denen sie dienen sollen. Es muss geändert werden." Newsome hat in Kalifornien ein Gesetz namens "Fair Play to Pay Act" verabschiedet, das es den Sportlern ermöglicht, von ihrem Namen, ihrem Image und ihrem Erscheinen zu profitieren. Das Gesetz soll am 1. Januar 2023 in Kraft treten.