MD Nagasaki ist ein japanischer Fußballverein mit Sitz in Nagasaki, Präfektur Nagasaki.

Gegründet wurde der Verein 2005 unter dem Namen Nagasaki Saryu und trat 2010 der J2 League bei. 2013 wurde der Verein in seinen heutigen Namen umbenannt.

MD Nagasaki hat noch nie einen großen Titel gewonnen, erreichte aber 2016 das Halbfinale des Emperor's Cup.