Junior

Der Verein erregte erstmals internationale Aufmerksamkeit als sich 1968 der legendäre Brasilianer Garrincha kurzfristig dem Verein anschloss. Er war aber in jener Zeit aufgrund seiner Physis nicht mehr in der Lage dem Verein mehr als ein Ausrufezeichen zu geben.

Atlético Junior gewann bereits die Meisterschaften von 1977 und 1980, doch als die große Zeit gelten die Jahre zu Anfang der 1990er als der Verein mit dem zweimaligen Südamerikanischen Fußballer des Jahres Carlos Valderrama, der als bester kolumbianischer Spieler aller Zeiten gilt, zwei weitere Titel einfahren konnte. Diese Mannschaft unterlag in der Copa Libertadores 1994 erst im Halbfinale dem späteren Sieger Vélez Sarsfield aus Argentinien.

Nach dieser Episode wurde mehr Wert auf die Entwicklung von Eigengewächsen gelegt. Der nächste große Erfolg stellte sich aber erst wieder 2004 ein, als Atlético Junior durch einen Sieg im Elfmeterschießen gegen Atlético Nacional aus Medellín die bis 2010 letzte Meisterschaft gewinnen konnte. Der Argentinier Omar Sebastián Pérez galt als das Herz jener Mannschaft.

Erneut Meister wurde Junior in den Rückserie 2010.

Unter dem im Januar 2015 verpflichteten Trainer Alexis Mendoza konnte der Verein 2015 zum ersten Mal kolumbianischer Pokalsieger werden. Zudem konnte Junior 2015 und 2016 zwei Vizemeisterschaften erreichen. Alexis Mendoza trat jedoch im Juli 2016 aufgrund eines Konflikts mit dem Besitzers des Clubs, Fuad Char, zurück. Unter dem als Ersatz für Mendoza verpflichteten Trainer Giovanni Hernández verfehlte der Verein aber den Einzug in die Finalrunde der Finalización. Durch die gute Hinserie konnte sich der Verein aber für die Vorrunde zur Copa Libertadores 2017 qualifizieren. Dennoch wurde im November 2016 die Entlassung von Hernández bekannt gegeben. Als neuer Trainer für die Spielzeit 2017 wurde im Dezember Alberto Gamero vorgestellt, der vorher als Trainer von Deportes Tolima erfolgreich war. Nach einem schwachen Saisonstart wurde Gamero jedoch bereits im März 2017 wieder entlassen. Ihn ersetzte der Uruguayer Julio Comesaña, der damit seine siebte Amtszeit bei Junior begann. Den Einzug in die Finalrunde verfehlte Junior als Zwölfter relativ deutlich. Im November 2017 gewann Junior zum zweiten Mal den kolumbianischen Pokal und qualifizierte sich damit für die Copa Libertadores 2018. In der Meisterschaft wurde Junior in der Ligaphase der Finalización Erster, scheiterte im Anschluss aber im Viertelfinale an América de Cali. Im Anschluss verkündete Julio Comesaña seinen Abschied als Trainer. Als Nachfolger wurde im Dezember 2017 Alexis Mendoza bekannt gegeben. Nach mäßigen Erfolgen, vor allem in der Copa Libertadores, musste Mendoza am 9. April 2018 sein Trainer-Posten abgeben. Nachfolger ist sein Vorgänger Julio Comesaña. Dieser führte Junior zum größten internationalen Erfolg in der Geschichte des Clubs. Durch Elfmeterschießen im Finale knapp entschieden, wurde Junior Vizemeister in der Copa Sudamericana 2018. Drei Tage später, am 16. Dezember 2018 wurde Junior zum achten Mal kolumbianischer Landesmeister.

Für die Saison 2019 wurde Luis Fernando Suárez als neuer Cheftrainer verpflichtet. Zu Beginn der Spielzeit 2019 konnte Junior gegen Deportes Tolima die Superliga de Colombia gewinnen. Nichtsdestotrotz, nach fehlenden Erfolge in der Copa Libertadores 2019, wurde Luis Fernando Suárez Anfang Mai durch Julio Comesaña als Cheftrainer ersetzt, der zum 9. Mal diese Aufgabe beim Junior übernahm. Keine sechs Wochen später, am 12. Juni 2019 gewann Junior unter Comesaña die dritte und insgesamt die neunte kolumbianische Landesmeisterschaft.